沿革概況

　　 本系碩士班成立於民國86年，學士班成立於民國88年，博士班成立於民國91年、民國92年增設碩士在職進修專班。
　　 為因應國家重點科技發展，積極培育半導體及積體電路設計人才，以落實產業升級政策，教育部於民國94年10月通過本系提出之電子工程研究所設立申請。本校遂於95年8月設立「電子工程研究所」。設立之初依本校規劃由理工學院直接統籌運作，定位為理工學院跨領域研究中心，結合本校理工學院電機、資工、材料、物理等相關領域系所，在研究及教學上的相互支援合作與資源共享。
　　 因本校於97學年度與花蓮教育大學合校，經校務會議通過決議於98年8月與電機工程系整併成為「一系二所」之組織架構。同時本校因配合民國98年6月11日教育部公佈之「大學總量展規模與資源條件標準」將以研究所命名之單位，修正為碩士班，以達系所合一之運作。故自99學年度起，電子工程研究所成為電機工程學系所屬之「電子工程碩士班」，與電機工程碩博士班並行為一系多班之運作。